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Windows標準のデフラグをコマンドラインから実行する場合は「defrag」コマンドで行う。
defragには隠しオプションがあって、ブート用のファイルの位置を最適化してくれるらしい。
/bというのがそのオプションで、試しに「defrag /b」を実行すると確かに何かやってる。
まぁ、効果があるのかはよく分からないけど。